Nguyễn Anh Tuấn tham gia nhiều vào hoạt động kinh doanh cá nhân. Nguyễn Anh Tuấn từng là Chủ tịch Hội đồng quản trị của VietNamNet Media Group, (hay Công ty Cổ phần VietNamNet JSC), công ty quản lý của VietnamNet, dù trước đây trên danh nghĩa Vietnamnet trực thuộc VASC. Công ty VietNamNet JSC có nhiều công ty con: Công ty cổ phần Vietnamnet Cộng (VNN Plus), Công ty cổ phần Vietnamnet truyền thông quốc tế (VNN Incom), Công ty cổ phần truyền thông Vietnamnet M5 (VNN M5)) từng phụ trách các mảng kinh doanh của Vietnamnet (ví dụ kinh doanh tin nhắn, quảng cáo...), do đó đa số doanh thu của Vietnamnet thuộc về Vietnamnet JSC và các công ty con.[16]

Ông Tuấn từng là Chủ tịch Hội đồng quản trị, Công ty Cổ phần Đầu tư VietNamNet (Vietnamnet IC) được thành lập sau khi ông rút khỏi Vietnamnet Media Group..

Ông Tuấn từng là Chủ tịch Hội đồng quản trị, Công ty Cổ phần truyền thông VietNamNet, thành lập năm 2009, là công ty cổ phần chuyên về thực hiện các hợp đồng truyền thông cho VietnamNet.[17]

Ông Tuấn thành lập Quỹ Trần Nhân Tông ở Mỹ.